Stefan Rauschen studierte an der Rheinisch-Westfälischen Technischen Hochschule Aachen Biologie und wurde dort im Jahr 2008 mit einer Arbeit zu den ökologischen Auswirkungen des Anbaus von gentechnisch verändertem Mais promoviert. Nach einer Post-Doc Phase an der RWTH Aachen wechselte er 2012 als wissenschaftlicher Mitarbeiter zum Projektträger Jülich (PtJ) in die Nationale Kontaktstelle Lebenswissenschaften. Im Jahr 2015 übernahm er die Leitung der neu eingerichteten Nationalen Kontaktstelle Bioökonomie und drei Jahre später die Leitung im Geschäftsbereich Bioökonomie des Projektträgers.